当前位置 > 万达娱乐注册 > 公司产品 > 科学家开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库

科学家开发完成水稻多组学数据整合和信息共享数据库

时间:2019-01-09 11:11:12 来源: 万达娱乐注册 作者:匿名


水稻不仅是世界近一半人口的主要粮食作物,也是一种重要的模式生物。

高通量测序技术的快速发展促进了水稻组学数据的广泛积累,使得有可能对控制水稻重要农艺性状,种质资源和水稻驯化的机制进行深入研究。

为此,研究人员构建了一个相关的水稻数据库,主要包括RAP-DB(日本农业生物资源研究所建立的水稻注释项目)和MSU-RGAP(密歇根大学水稻基因组注释项目),但这些数据库缺乏有效性。意味着针对不同的组学数据进行低成本,可持续的集成和维护更新。

随着各种组学数据量的不断增加,如何整合大量异构水稻组学数据,建立水稻综合信息库,实现便捷访问,提供友好的视觉界面已成为水稻研究的关键问题。

张章研究组,胡松年研究组,中国科学院北京基因组研究所陈飞研究组,北京大学和华中科技大学研究团队合作采用可扩展的可持续系统架构。设计,设置不同组学数据的模块,每个模块负责特定工作组的数据采集,整理,分析,可视化,更新和维护,并基于每个模块的Web API接口集成各种水稻组学数据。开发了水稻多组学数据整合和信息共享数据库IC4R(Rice Commons for Rice)。

这项工作也是中国多家联合研究团队共同完成的第一个水稻多组学整合数据库。研究结果于2015年10月在国际生物信息学期刊Nucleic Acids Research上发表。

IC4R具有良好的可扩展性和持久性以及低维护成本。这些模块主要包括5000多个水稻重测序数据生成的突变信息数据库,以及基于RNA-Seq测序数据的水稻基因表达数据库。水稻属是核心植物同源数据库,水稻蛋白质不同水平的翻译后修饰数据库,水稻文献数据库,以及基于Wiki的水稻基因信息群落修订(Community Curation)平台。IC4R程序随后整合了更多类型的组学数据,并将重要的农艺性状与多组学数据联系起来,逐渐发展成为水稻基础研究和转化研究的信息知识宝库。

参与工作的主要人员包括北京大学副研究员何航,华中农业大学教授陈玲玲,河南农业大学教授张惠勇,华中科技大学教授薛瑜,王祥峰,中国农业大学教授,内蒙古师范大学教授季兆华。

该研究由中国科学院试点项目,国家自然科学基金,中国科学院百人计划和“863”项目资助。

链接到论文摘自:食品合作伙伴网络

关键词:生物学,水稻,日本,粮食,遗传学,GAP,AOC官方网站,北京世纪奥克

>

下一篇:关于半导体计量规范规格的16项(附图)